黄连上清片与牛黄解毒片的不同主要表现在以下4个方面：
1、组方与方解：
黄连上清片属于疏风清热剂，组方为黄连、黄参、黄柏(酒炒）、石膏、栀子（姜制）、酒大黄、连翘、菊花、荆芥穗、白芷、炒蔓荆子、川芎、防风、薄荷、旋覆花、桔梗、甘草。方中黄连、黄参、黄柏、石膏清热泻火，燥湿解毒；栀子、大黄清热凉血解毒，引热毒从二便而出，共为君药。连翘、菊花、荆芥穗、白芷、蔓荆子、川芎、防风、薄荷疏散风热，共为臣药。旋覆花下气行水，桔梗清热利咽排脓，载药上行，为佐药。甘草清热解毒，调和诸药，为使药。诸药合用，散风清热、泻火止痛、上通下行，使火热随之而解。
牛黄解毒片属于清热解毒剂，组方为人工牛黄、石膏、黄芩、大黄、雄黄、冰片、桔梗、甘草。方中人工牛黄味苦性凉，入肝、心经，功善清心泻火解毒，为君药。生石膏味辛能散，性大寒可清胃泻火，除烦止渴；黄芩味苦性寒，清热燥湿，泻火解毒；大黄苦寒沉降，清热泻火，凉血解毒，消下通便，开实火下行之途，共为臣药。雄黄、冰片清热解毒，消肿止痛；桔梗味苦辛，归肺经，宣肺利咽，共为佐药。甘草调和诸药，为使药。诸药合用，共奏清热解毒之效。
2、药理作用：
现代药理学研究证实，黄连上清片具有抗菌作用，对静脉注射金黄色葡萄球菌悬液感染模型小鼠有保护作用，可降低小鼠的死亡率；体外对大肠埃希菌、铜绿假单胞菌、金黄色葡铺球菌和肺炎双球菌有一定的抗菌作用，对上述菌株的最低抑菌浓度(MIC)均为0.313g/ml，最低杀菌浓度(MBC)均为0.625g/ml。
黄连上清片具有抗炎作用，可抑制二甲苯、巴豆油致小鼠耳肿胀度；可抑制大鼠棉球肉芽肿的形成，降低肉芽肿净重。
黄连上清片具有解热作用，可抑制皮下注射5%鲜啤酒酵母湿悬液致发热大鼠体温升高。
黄连上清片具有镇痛作用，可减少冰醋酸致小鼠扭体次数。
黄连上清片具有通便作用，对正常小鼠肠运动有推述作用，可增加肠推进率。
现代药理学研究证实，牛黄解毒片具有抑菌作用，体外对金黄色葡萄球菌、耐药金黄色葡萄球菌、变形杆菌和白色葡萄球菌有抑菌作用。
牛黄解毒片具有解热作用，能抑制2，4-二硝基酚引起的大鼠体温升高；能抑制霍乱菌苗引起的家免体温升高。
3、临床应用
在临床上，牛黄解毒片可用于胃火亢盛所致的口疮，症见口舌生疮，疼痛剧烈，反复发作，口干喜饮，大便秘结，舌质红苔黄，脉沉实有力；口腔炎、口腔溃疡见上述证候者。
牛黄解毒片可用于三焦火盛所致的牙痛，症见牙龈红肿疼痛，发热，甚则牵引头痛，日轻夜重，口渴引饮，大便燥结，小便黄赤或面颊红肿，颌下瘰疬疼痛，苔黄，脉滑数有力；急性牙周炎、牙龈炎见上述证候者。此外，牛黄解毒片尚有肛肠用药治疗痔源性便秘、外敷防治化学治疗性静脉炎的报道。
4、安全性
在安全性方面，有报道服黄连上清片后可发生急性肝损害。
在安全性方面，有文献报告，大量服用牛黄解毒片致慢性砷中毒和全身皮肤黑色紫(黑皮病）沉着、掌跖角化过度，尿血、便血、皮肤药疹、过敏性休克、肝脏损害的个案报道。
