03出的时候漫画才到第8卷，所以03是脱离原作漫画自己原创剧情的作品,当然借鉴了一部分漫画情节（大概占漫画情节的1/9左右).
漫画和03版动画（也就是你所谓的第一季）在主线剧情完全不一样，基本上可以说除了个别人名一样、外形一样以外没有任何相同的地方（但比较接近原漫画的风格例如馒头脸之类）。比如03版动画的但丁，漫画里就根本没有这个人（那个但丁原是个灵魂被爱德华的老爸用炼金术固定起来，他老爸原先是奴隶，被国王派去照顾但丁，因为但丁懂得制造贤者之石，最后他们以牺牲一个国家的代价练就贤者之石，但丁则拥有了和爱德华他老爸一样的相貌）；还有03版泉师傅的孩子在漫画里没有出现过；03里爱德华的妈妈成为了人造人，在漫画里也没有这个人…… 类似这种根本性的差别有很多，无法一一列举。
09/FA是按照漫画原作剧情进行的动画，所以和03版没有任何联系。可能你会觉得前几话“看过”，那是因为03版借鉴了漫画情节所致。实际上你觉得你“看过”，还是很多细节上的地方不一样的。这些不同的细节汇集在一起将在日后成为巨大的差别。
