1（1） 云霄飞车杀人事件
54（56） 电玩公司杀人事件
118（124~125）浪花连续杀人事件★ *
128（135）黑衣组织十亿元抢劫事件（部分情节为动画原创）
129（136~139）来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件★
176（190）与黑衣组织的再会（灰原篇）
177（191）与黑衣组织的再会（柯南篇）
178（192）与黑衣组织的再会（解决篇）
230（249）神秘的乘客（前篇）
231（250）神秘的乘客（后篇）
271（293）急忙掩饰的忽略（前篇）
272（294）急忙掩饰的忽略（后篇）
286（308）工藤新一纽约事件（事件篇）
288（310）工藤新一纽约事件（解决篇）
289（311）光彦森林迷失记（前篇）*
290（312）光彦森林迷失记（后篇）*
307（332）遗留的无声证言（前篇）
308（333）遗留的无声证言（后篇）
309（334）与黑衣组织的接触（交涉篇）
310（335）与黑衣组织的接触（追迹篇）
311（336）与黑衣组织的接触（决死篇）
338（363）四辆保时捷（前篇）
339（364）四辆保时捷（后篇）
340（365）厕所里隐藏的秘密（前篇）
341（366）厕所里隐藏的秘密（后篇）
345（371~375）与黑衣组织的直面对决 满月之夜的双重谜案★
425（459~463）黑暗冲击！黑衣组织的魔爪伸来的瞬间★
462（502）黑衣组织的影子 年幼的目击者
463（503）黑衣组织的影子 奇妙的照明
464（504）黑衣组织的影子 谜样的高额报酬
465（505）黑衣组织的影子 珍珠的流星
484（527）黑色照片的去向（前篇）
485（528）黑色照片的去向（后篇）
491（538）红与黑的碰撞 开端
492（539）红与黑的碰撞 血缘
493（540）红与黑的碰撞 绝叫
494（541）红与黑的碰撞 冥土
495（542）红与黑的碰撞 昏睡
496（543）红与黑的碰撞 侵入
497（544）红与黑的碰撞 觉醒
黑衣组织
498（545）红与黑的碰撞 搅乱
499（546）红与黑的碰撞 伪装
500（547）红与黑的碰撞 遗言
501（548）红与黑的碰撞 嫌疑
502（549）红与黑的碰撞 洁白
503（550）红与黑的碰撞 决死
504（551）红与黑的碰撞 殉职
563（614）侦探团VS强盗团（骚动）
564（615）侦探团VS强盗团（沉默）
578（629）召唤危机的红色前兆
579（630）黑与13的暗示
580（631）逼近的黑色时刻
581（632）红色的摇摆目标
667（719）婚礼前夜（前篇）*
668（720）婚礼前夜（后篇）*
671（723）侦探们的夜想曲（案件）*
672（724）侦探们的夜想曲（绑架）*
673（725）侦探们的夜想曲（推理）*
674（726）侦探们的夜想曲（波本）
681（733）以性命为赌注的恋爱转播（转播开始）*
683（735）以性命为赌注的恋爱转播（现场突入）*
699（751）逼近灰原秘密的黑影（前篇）*
700（752）逼近灰原秘密的黑影（后篇）
701（753）漆黑的特快列车（发车）
702（754）漆黑的特快列车（隧道）
703（755）漆黑的特快列车（交叉）
704（756）漆黑的特快列车（终点）
705（757）密室中的柯南 *
706（758）解谜的波本
722（774）香甜冰凉的快递（前篇） *
723（775）香甜冰凉的快递（后篇） *
734（786~787）茱蒂的追忆与赏花的陷阱★
739（792）小五郎在酒吧里（后篇）
740（793）小兰也倒在浴室里了（前篇）
770（823）气氛僵硬的茶会（前篇）
771（824）气氛僵硬的茶会（后篇）
779（832）绯色的序章
780（833）绯色的追寻
781（834）绯色的交错
782（835）绯色的回归
783（836）绯色的真相
