（1）直接调节水质的作用
特别是换水困难的池塘应该经常泼洒微生态制剂。正确的做法应该是塘鱼吃食较好、鱼体健康、水体也不需要杀虫和消毒时，及时使用微生态制剂维持菌相以及藻相，以期良好水质时间延长，达到预防鱼病的目的。
如果在一个养殖周期内，能够采取调节水质的各种手段，使得发病次数减少一次，那么鱼类良好的摄食状态就会延长5-10天，甚至更长，这样得到的效益远远超过调节水质所用的花费。养殖户也就没必要计较微生态制剂药费了，而且还会改变“水质较好和吃食正常时没必要花钱调节水质预防鱼病”这种错误的观念。
（2）间接调节水质的作用
在饲料中添加投喂微生态制剂，可以增加鱼体肠道内有益菌，控制有害菌，减少含氮废物向水体的排放，从而达到保持良好水相、促进鱼体健康、预防鱼病的目的。这一手段的缺点是靠人工拌合，劳动强度较大。
以上作用，要综合运用，不可偏废。运用不合理，当鱼体机能不足以抵抗不良环境时，摄食减少、体质变弱、寄生虫寄生、细菌感染，各种鱼病就会相继出现。综合使用有效的调节水质手段，使良好水相长时间地维持，鱼有一个较好的生长生活环境，才是减少鱼病损失、创造养殖效益的重要保证。
