长远来看，公益一类事业单位无论各方面都好于公益二类。
公益一类事业单位主要是指出主体职责是提供公益服务或行政辅助，不宜由市场配置资源的公共服务机构。公益一类事业有两个明显特点：一是全部由财政全额拨款供养；二是主要集中在科教文卫领域。像疾控中心、科技馆、图书馆、博物馆、公立小学和初中、乡镇卫生院等，都是公益一类事业单位。公益一类事业机构是事业单位的主体，除了少部分因为职能相近等原因进行必要的撤并整合外，其余基本不受分类改革影响，在事业单位中属于风险最小、最稳定、可靠的一类。
公益二类事业单位是指可由市场配置资源，同时提供部分公益服务的公共服务机构。公益二类一般为差额拨款性质，财政提供部分拨款予以支持，其余由单位自营收费资金补足。像县级以上公立医院、高校、公园、房产交易所、设计院等，基本上都是公益二类。公益二类受改革冲击比较大，按照经济效益情况区分，大致呈现三个方向：一、部分经济效益较差，主要职责是公益服务的，剥离收费或经营职责，改公益一类；经济效益一般，可以维持单位正常运转的，保持现状；经济效益较好，主要职责是经营或收费的，剥离公益职责改企业。整体来看，未来大部分公益二类事业单位或都会保持现状。
对比公益一类和二类事业单位，从发展前途来看，公益一类更好；从收入来看，公益二类因为有经营收入，实际上很多都高于公益一类，比如医院就是典型；从改革来看，公益一类更稳定，未来不排除全部取消公益二类。因此综合各方面比较，公益一类无疑更具优势。
