由于小智的皮卡丘不肯服从小智，小智惟有靠自己捉神奇宝贝，连续捉2只失败，就在小智以掷石作攻击命中目标时，惊觉那不是波波，而是烈雀。小智及皮卡丘遭受袭击，慌忙逃走。
其间一个女子在钓鱼期间拯救了他们，小智按她的指示，向常槃市冲去，但被烈雀群追上，此时皮卡丘已受重伤，为了救它，小智不惜牺牲自己，抵挡烈雀群。皮卡丘眼见小智舍身相救，终于明白小智对它的爱护及好意，就在烈雀群即将击中小智的千钧一发之际，它冲到小智面前，并使出强烈的“电击”绝招!终于成功把烈雀群赶走了，小智和皮卡丘亦终于成为好友
此时小智及皮卡丘遇见了一只神秘的神奇宝贝(大木博士也不敢相信小智遇上它)，是后来小智估计的凤王(由于当时金银版还未推出，其名字最初是透过漫画版的资料公布的)。之后小智和拯救他及皮卡丘的女子──小霞结伴同行，其后认识小刚，尼比市道馆赛后小刚加入成为新的同伴。
小智在石英联盟由初赛出线至淘汰赛，于16强止步。回到真新镇后，小智为了替大木博士拿GS球而前往橘子群岛，在一时兴起下决定挑战橘子联盟，到最后夺得胜利者杯。在从橘子群岛回来后，与一直以来视为劲敌的小茂首度交锋，双方派出自己最自豪的神奇宝贝，皮卡丘对抗伊布，一番苦战后小智战败，对小茂誓言下次绝不会再输，也决定要挑战城都联盟，往城都地方出发。
而在城都联盟白银大会决胜锦标赛的第一回战中再度与小茂对碰，6对6的全面对战，双方都以最强的阵容来应战，最后一战，小智的喷火龙战胜小茂最强的水箭龟，小智晋级。但是到了第二回战与来自丰缘地区的叶越交手时，叶越充满特性的神奇宝贝使小智陷入危机，小智和叶越激战后派出最后仅余仍能作战的神奇宝贝-喷火龙和火焰鸡作最终对决，最后喷火龙失去战斗能力，小智战败，。白银大会结束后小智与必须回家的小霞和小刚告别，重回真新镇的小智想着自己从未到过的丰缘地区，决定为了重新出发，于是只带着皮卡丘前往丰缘地区挑战丰缘联盟，第一部完。
