主要区别是，性质不同、政治体制不同、主要民族不同、主要宗教不同、国家规模不同，具体如下：
一、性质不同
1、巴勒斯坦
巴勒斯坦国，简称“巴勒斯坦”，是一个由居住在巴勒斯坦地区的约旦河西岸以色列占领区以及加沙地带的阿拉伯人所建立的国家，是中东的一个国家，由加沙和约旦河西岸两部分组成。
2、巴基斯坦
巴基斯坦伊斯兰共和国，简称“巴基斯坦”，意为“圣洁的土地”、“清真之国”。是一个多民族伊斯兰国家。

二、政治体制不同
1、巴勒斯坦
半总统共和制。
2、巴基斯坦
议会制共和制。
三、主要民族不同
1、巴勒斯坦
阿拉伯人（巴勒斯坦人）。
2、巴基斯坦
旁遮普族、信德族、帕坦族、俾路支族 。
四、主要宗教不同
1、巴勒斯坦
主要宗教：伊斯兰教-逊尼派。
2、巴基斯坦
主要宗教：伊斯兰教、基督教、印度教、锡克教 。
五、国家规模不同
1、巴勒斯坦
国土面积：6220平方公里。人口数量：4,684,777（2017年）。
2、巴基斯坦
国土面积：796095平方公里（不包括巴控克什米尔地区）。人口数量：1.97亿（2017年）。
