身世
黄药师父亲叫黄一飞，祖上是大宋汴京望族。黄一飞是庶出，在兄弟中排行第七，上面有两个哥哥都中过举人，其中一个官职曾最高做到工部侍郎。黄一飞自知不是读书的材料，便在中了秀才之后，打理家族生意。
黄一飞很有经商头脑，为家族赚得了大量的金钱，但还是被族人各种看不起。后来，金人南下攻破汴京，宋朝皇室和民众纷纷南渡避难，黄家也举家迁到杭州，家中的数千亩良田自然带不走，金银细软在逃难途中也消耗了不少，使黄家上下几十口人，渐渐坐吃山空。
这时，黄一飞说服族长，拿出积蓄的一半来做药材生意。此后数年，凭着他出色的经营手段，又逐渐积累起巨额财富，使黄家恢复旧观。其间，黄一飞的妻子诞下一子，黄一飞以可以消灾延寿的药师如来之名，为儿子起名为药师。
因为黄一飞成为了黄家的顶梁柱，受到族人的尊敬，所以黄药师的童年和少年时光，可以说是过得无忧无虑。而且，黄药师天资聪颖，精力充沛。族中私塾教师所教的四书五经之类，黄药师可以做到过目成诵，所以他就有大把时间，看了很多天文地理、诗词歌赋、医卜星象等杂书，并一学就会，无师自通。
此外，黄药师七岁开始，便跟着自家的护院武师学习武功，虽然没学到几分真本事，但也保证了身强体健，百病不生。
照这种情况发展下去，黄药师可能会走上仕途，这也是黄一飞所乐意见到的。不料，天有不测风云，人有旦夕祸福。黄药师刚过完十三岁生日，黄一飞和妻子在元宵夜赏花灯时，一株两丈多高的花树突然倒地，引起周围数百花灯、花树被一一带倒。当时，黄一飞和妻子正站在花树下面，两人都被压倒在地。等两人艰难的爬起，又被惊慌失措的人群撞倒，无数人从他们身体上踩踏而过，接着又发生了火灾，使两人再也没能站得起来。
父母一死，黄药师一下子成了孤儿，他含泪为父母办了丧事，性格变得孤僻、古怪，很久都不发一言。周围那些所谓的亲戚，看着黄药师的眼神，也渐渐变得复杂起来。很久之后，黄药师才知道，那种眼神叫做贪婪。
陷害
不久之后，有一位族中的兄弟黄善来找黄药师，说带他出去散散心。黄药师自觉和他的交情还不错，就跟着他去了。结果两人在酒馆里，一直从中午喝到日薄西山，黄药师喝得不省人事，再醒来时已是深夜。旁边睡着一个女子，梨花带泪，衣衫不整。
这女子也是族中之人，论辈分，黄药师还要叫她一声姑姑。黄药师一看这种情形，额头上登时渗出了一层冷汗，宿醉也醒了七八分。他正想偷偷溜走，却听得数人的脚步声急急赶来，还没想好怎么办，他们已经破门而入。
当头一人正是族长，黄药师急忙跪倒在地，说自己昨日大醉，不知如何到了这里，但可以肯定自己什么都没做。黄药师正在辩解，却听旁边传来“嘤嘤”哭声，他的“姑姑”边哭边说，黄药师夜闯香闺，意图非礼，所幸大家及时敢来，才没有得逞。
黄药师大呼冤枉，说自己日间一直在和黄善在喝酒，喝到最后最后什么也不记得了，连怎么回的家都不知道，就更不知道怎么到的这里，黄善可以作证。族长说，黄善也来了，可以叫他出来对质。
黄善本来在最后面，听到族长叫他出来，便畏畏缩缩的走了过来，面露难色地对族长说，自己并没有和黄药师一起喝酒，只是见他鬼鬼祟祟的来了这里，才急忙报告族长。人群中又站出来一个少年，说黄善白日里一直跟自己在一起，两人日间去了银钩赌坊，直到一个时辰前才回来。
黄药师听得心渐渐沉了下去，黄家族规规定，族中子弟赌钱者，要打十大板子。黄善和这少年宁可自污受罚，也要诬陷自己，显然是一个巨大的阴谋。而以黄善的能耐，绝设计不出这样的计策来，他背后必定有还有大人筹划。
到这里，黄药师的脑海已是一片清明。他知道这些人设计自己，目的就在于自己父母留下的家产。自己犯下侵犯长辈的大错，按照族规，就算是沉江也不为过。想到这里，黄药师惨然一笑，说你们今日最好杀死我，否则我日后回来报仇，教你们一个个生不如死。
族长沉痛说道，黄药师，我本来念你年少，想给你一条活路，想不到你犯下大错，不但不思悔改，眼见砌词狡辩不成，还要威胁大伙，你这样的祸端，我黄家怎么还能容你存活于这个世上。说完，便令两个大汉过来将黄药师绑了。黄药师本来会几分武功，可惜大醉之后手足无力，只能任他们所为，一口银牙差点儿咬碎。
此时正值丑时，那两个大汉用毛巾捂住了黄药师的嘴，乘着夜色将他拖到钱塘江边上。其中一人说，冤有头，债有主，我们只是奉命行事，你小子做了鬼千万不要怪我们。说完两人便将黄药师投到了滚滚江水之中。
大汉说什么，黄药师并没有听清楚，因为他当时正在看着天空中一种罕见的星象，金木水火土五大行星同时出现，交相辉映。正是星书上所记载的//p1.toutiaoimg.com/large/tos-cn-i-0022/63d0961e83184b498700b40bc3451077" web_uri="tos-cn-i-0022/63d0961e83184b498700b40bc3451077" img_width="945" img_height="618" fold="0" onerror="javascript吉人自有天相。黄药师没漂流多远，就被一艘夜航船发现，将他救出。船上人救了之后，也不放他上岸，反而一直向海上驶去。船上一位貌似忠厚的中年人，自称乔老大，说黄药师遇到他们也算有缘，不如就和他们一起去海外寻宝。
乔老大说，前些日子他无意中得到了一张藏宝图，就在东海的某个岛屿。只是藏宝图上也说了，宝藏所在遍布机关，千万慎重。于是他就招呼了二十几个兄弟，一块去发这个大财。
黄药师刚经历了家族中的龌龊事，已经对世事人心有了些防范，心想这些人救我上来，绝不是他们所说的相逢有缘、一起发财之类的鬼话，怕是要带着我前去试验机关。就算到最后我侥幸不死，也一定会他们杀人灭口，这事须得早做打算。
黄药师在船上待了几日，果然发现这些人都不是良善之辈，打家劫舍、杀人放火对他们来说不过是寻常之事，而且他们之间也并不齐心，短短几日就发生了七八起打架斗殴，最后都被乔老大压了下去。
几日后，众人终于找到了宝藏中所说的小岛，并一路按图索骥，来到宝藏之地。藏宝图中所谓的机关，是眼前一大片巨石林。巨石数以千计，每块足有三丈多高。有两人人试探着进入其中，其中一人没走几步便没了去路，只好折回。另外一个则被四块巨石困住，只闻其声，不见其人。
乔老大让大家一起进退，便带着黄药师等人进入了石阵，但石阵中巨石是能够移动的，没多久，乔老大身只剩下了七八人。黄药师一看石阵，便知它不出五行八卦之列，可惜他对此只是略懂，并不足以破阵而出。
黄药师心想这人既然制作了藏宝图，必定会给人留下一线生机，于是他自己查看每一块巨石，终于让他发现，有的巨石上面有细小的字迹写成的谜题，只要答对了这些谜题，巨石就会移开。
这些谜题并不算难，但涉及的种类很多，包括诗词、音乐、棋艺、算术等等。比如分别写出唐诗中带“一”、“十”、“百”、“千”、“万”的的诗句；又如在九宫格内填上一到九九个数字，使其纵横、对角三格之和相等；还有就是一副围棋的残局，让你落下关键一子……
乔老大等人都是江湖中的亡命之徒，就算有人能勉强解开一题，但很快就会被另一种类型的题目难住。然而黄药师从小就涉猎广泛，所以解起题来得心应手。乔老大看到黄药师这般，便让众人都跟在他身后。
黄药师心中早有计较，接连解了几道诗词、算术题后，他看到一局熟悉的围棋残谱，但他并不急着落子，而是装作苦苦思索的样子，一会坐下静思，一会儿站起来推演，眼睛余光却在关注着众人的一举一动，等到乔老大到一旁小解，他急忙落下棋子，随着巨石移开，便一跃而出，然后闪入一旁的石阵之中。
岛主
乔老大见黄药师出去，心呼不妙，急忙带人追出去，却已不见了黄药师的踪影。他气急败坏之下，又进入了另一个石阵，身后的人也渐渐被走散，被分隔在石阵之中。至于黄药师，他又接连破解了七个石阵，进入了宝藏之中。
这个宝藏是一个十丈方圆的石室，黄药师看着眼前的宝藏，不禁有些啼笑皆非。乔老大等人，笃定了宝藏之中，一定是有无数金银珠宝。可是这里，却是一排排的书架，上面摆的都是一本本棋谱、琴谱、药书等杂书。不过，这对黄药师来说，却是真正的宝藏。
在石室北墙的一个角落里面，有一个破烂的木箱。黄药师打开木箱，其中有一个白玉瓶，拔开塞子，只觉异香扑鼻，显然是一种难得的灵药。另外，还有几本书册，上面写着“小无相功”、“天山折梅手”等字样。黄药师知道，这些就是习武之人所说的武学秘笈，他决定趁这这次机会，练成绝世武功。
于是，黄药师便在石室内住下，每日勤修武功，烦了便观阅棋谱、琴谱，饿了采撷野果充饥。等到桃子成熟，他更是想办法储藏了一些。每过十几日，他还会向石阵中扔些食物。
如此七年过去，黄药师自觉神功已成，其他杂学也有了深厚的造诣，眼前的石阵仿若无物。于是他把乔老大等人放出来，把他们变成瞎子、聋子和哑巴，然后充作苦役。
而这个桃花缤纷的海岛，就被黄药师称为桃花岛，他自称桃花岛主。
后来，黄药师返回杭州，一夜间将家族中所有的财产盗空。正像雪崩之时，没有一片雪花是无辜的。当他遭受陷害时，无论是凶手还是旁观者，都应该付出相应的代价。让他们倾家荡产，已经是他对他们最大的仁慈。
此后还有黄药师遇到挚爱冯蘅，收下曲灵风、梅超风、陆乘风、陈玄风等六大弟子之事，篇幅所限，不再展开。
