先说结论，九阳神功最厉害，其次是先天功，最后是小无相功。

下面分析原因。

第一，从三门武功的后世影响来看，九阳神功可居首位

九阳神功其实也叫九阳真经，是斗酒僧观看了九阴真经的内容后，有所感悟而创下的武功，并将其写在了少林寺藏经阁内的一本名为《楞伽经》的书上。结果被藏经阁管理员觉远大师发现，并每日阅读，久而久之便积攒下了深厚内力。

最后，觉远在临死之前，将这九阳神功的心法传给了身边的三个人，这三个人分别是张三丰，郭襄，以及无色禅师。凭借这三份残缺的九阳神功心法，张三丰得以创立武当派，郭襄得以创立峨眉派，无色禅师更是以一己之力将少林派重整旗鼓。

可见，九阳神功的后世影响极其巨大。它的出现不仅改变了神雕以后的武林格局，更使得张三丰从中悟出了太极剑和太极拳两门高深武功。

与九阳神功相比，先天功为王重阳所创，凭此武功倒也创立了玄门正宗全真教，也算是不小的成就，但与九阳神功相比，还是稍逊一筹。

至于小无相功，就更加不值一提了。压根就没有太过巨大的影响。

第二，九阳神功对于练武之人的帮助最大

通过倚天一书，我们可以明确知道，凡是练过九阳神功之人，再去练得别的武功都会变得异常的轻松及迅速。比如张无忌在练习了之后，在短短几个时辰内就练到了杨逍，阳顶天等人花了几十年才练到的阶段。再比如张三丰，他在修炼了九阳神功后，居然能从中悟出太极拳和太极剑。

可见，九阳神功对练武之人的帮助非常大。

而先天功和小无相功基本没有这方面的帮助。

第三，实战中，九阳神功的战绩最好

如果我们将使用过这三门武功人一一罗列的话，就会发现，在实战中，练过九阳神功的人最后基本都成了一代宗师，且实战的战绩最好。

比如武当派宗师张三丰，在倚天一书中，他早已是人们口耳相传的传说级人物。当年他凭借这一门武功，独自击败西域天才百损道人，使其终生未敢再踏入中原一步；比如明教教主张无忌，凭借此武功，几乎凭一己之力将六大门派挡在光明顶外。

而先天功，除了在射雕的回忆中，曾提及王重阳凭此武功击败了欧阳锋外，基本就未再提及它的实战。后来唯一一次提及还是用于救助身受铁砂掌的黄蓉。可见，先天功在救人方面还是效果显著的。

至于小无相功，实战就更加不行了。比如自称武功天下第一的鸠摩智就练过小无相功，结果差点因为走火入魔而丧命，再比如李秋水以及她的姘头丁春秋，在实战中，李秋水与天山童姥倒是互有胜负，而丁春秋则是个实打实的技不如人，打乔峰打不过，打虚竹打不过。

所以，由此三点可见，九阳神功最厉害，其次是先天功，最后才是小无相功。