他们在城池快要撞到太阳前，用月光宝盒穿越到了唐朝，就是星爷做山贼的那个时代。
故事一开始说的是白骨精，蜘蛛精到五指山上找孙悟空，但因为他还没获得三颗痣，所以这个大圣爷并没有法力。后来想救白骨精穿越回到了五百年前，紫霞仙子在他脚下盖了章，重新获得法力。之后大战牛魔王，在危机关头以大圣的身份回到了五百年后，继续开始取经之路。这个结局要从第一部《月光宝盒》说起，五百年前上天安排取经四人组去取经，但是大圣爷不想去，还想杀死唐僧欺师灭祖。观音出手要
灭大圣，唐僧以大无畏的精神牺牲自我换取大圣五百年后的再生。故事一开始就是再生后的大圣用月光宝盒穿越到紫霞仙子面前拿回三颗痣，做回大圣的故事。经过和牛魔王的大战，唐僧改变了自己啰嗦的毛病，这个毛病是五百年前和牛魔王大战的时候改的，所以猪八戒说“师傅说话一向简单明了”。在菩提洞中遇到菩提老祖的转世，大圣兑现了之前的承诺，还他三刀（这三刀是大圣变身前连累他们被蜘蛛精砍的）。出了菩提洞，曾经的蜘蛛精跟白骨精成了姐妹同嫁一夫，相互扶持努力挣钱给他们的相公考取了状元（化解了五百年前他们水火不容的恩怨）。最后就是大圣爷也了了自己心愿，看到一个至尊宝一个紫霞在城墙上对峙。大圣爷施法进入至尊宝的身体，为自己，为至尊宝做了一件心里很想做但因为面子问题而不敢做的事情，接受紫霞。大话西游两部戏里的死对头的恩怨在结尾都得到了和解。而取经四人组重新踏上了取经路。
