第四部：通往天国的倒计时
这是名侦探柯南在2001年的一部作品，制作在当时都非常精良，并且拥有29亿日元的票房，在当时绝对称得上大获成功。这部算是让柯南和琴酒进行了一次间接的战斗，对于主线剧情的推进还是有一定作用的，而且柯南在这部剧场版中有非常多的镜头都被后续模仿抄袭。
剧情不复杂，柯南一行人在回家途中路过西多摩市境内的一座双塔高楼观光，正好毛利小五郎和小兰姐也参加开幕典礼，正好巧遇一起。在秘书的带领下参观了这座两栋几乎一模一样的摩天高科技大厦，同样的出席这次开幕也有很多著名建筑相关名人。
当天就发生了杀人事件，最恐怖的是竟然有黑衣组织出现在现场，灰原哀在阿笠博士家晚上经常电话联系某个人，让我们一时间怀疑到灰原哀身上。第二天不顾警方的劝阻，开发商执意要给双塔摩天楼开幕，为了查处真相，柯南被迫与黑衣组织开战，紧张刺激。
第三部：迷宫的十字路口
继上一部柯南剧场版的辉煌，东宝公司又马上推出下一部剧场版《迷宫的十字路》，主要场地拉回到日本东京、大板。这部影片最主要讲解的还是平次和女友的情感历史，场景构图非常唯美，有点偏向于轻漫画风格，到现在还记忆犹新。
故事剧情是某三位男子戴着假面具偷取了寺庙的佛像，并且离奇被杀，经过警方后来的调查发现被杀害的人分别是东京、大板、京都的偷窃集团成员。柯南、园子小兰和小五郎来到京都调查遗失佛像一案，这一次服部平次和柯南再次和手调查当年被窃杀人一案，最终水落石出。值得一提是当年服部平次的初恋女友竟然就是自己的女朋友和叶，不过两个人都不知。
这部还是以爱情故事为主线，案件的复杂程度并不是最重要的。
第二部：世纪末的魔术师
终归是比较有历史的一部剧场版，上映于1999年，刚好跨世纪前后上映，名字估计饿时为了博取噱头。这一集最重要的是怪盗基德的出现，然后还撩小兰姐，万恶的咸猪手基德！不能容忍，凭良心来说，剧情的铺垫以及最后新一出现的瞬间，都让人震惊。
剧情是由意见皇室秘宝-回忆彩蛋开始的。回忆彩蛋在园子家的美术馆内展出，怪盗基德用他惯用的计量发出犯案预告，说要偷取皇家艺术珍宝。铃木会长也不傻请来的警方和毛利小五郎等人过来协助，这次服部平次也会一起过来对战怪盗基德，可惜彩蛋还是被怪盗基德转移走，半路基德被反杀，被不明组织所盗取。剧情的高潮在于第二颗彩蛋的出现，通过多方考证还是找到了彩蛋的秘密，当一切谜团即将解开，小兰和柯南陷入敌手，险些丧命。
世纪末的魔术师还是展现了一个光怪陆离的世界，原来破案和魔术可以这样结合。
第一部：贝克街的亡灵
这也是公认的最优秀的一部柯南剧场版作品，这部作品感觉更像是向福尔摩斯致敬刻意为之。贝克街的亡灵直接把日本的城市场景拉到可虚拟的英国18世纪，给人耳目一新，在千篇一律的剧场版东京大板等场景中跳出，绝对是一次不错的突破。
贝克街的剧情发生在信息技术发达的托马斯身上，他们为了让人工智能天才弘树发明程序，但是只有10岁的少年压制不住对于世界的好奇，选择自杀化身成诺亚方舟形式存在。
在某次虚拟游戏发布会上，柯南一行多位小伙伴，无意中闯入了游戏，并且通过游戏才能活着离开游戏世界，否则现实世界的自己也会死亡。中间还出现了福尔摩斯等 有趣形象，可以自己去看一下。
